@Catedra_Hemato | @crh_MoralesIMIB

LABORATORIO DE GENÓMICA (BIOLOGÍA MOLECULAR)

(Drs. R. Teruel)



Estudio de Quimerismo Hematopoyético


Diagnóstico hemopatías malignas

  • Extracción material genético: ARN y ADN.
  • Trombofilia congénita: Factor V Leiden (G1691A) y Factor II (G20210A).
  • Antígenos plaquetarios: HPA1, HPA5 y HPA15.
  • Hemocromatosis: HFE (C282Y y H63D).
  • Trasplante hematopoyético: Pre-trasplante (Receptor y Donante) y post-trasplante (sangre periférica total, CD3, CD15 y médula ósea).
  • Leucemia aguda mieloide: FLT3 (ITD y D835), NPM1,qRT-PCR NPM1 mutación tipo A, mutaciones en CEBP/α, expresión de BAALC, mutaciones exón 4 de IDH1 (p.R132) y mutaciones en exones 4-5 de IDH2 (p.R140/p.R172), translocaciones cromosómicas [PML-RARα t(15;17), BFβ-MYH11 (inv16), RUNX1/RUNX1T1 (AML1-ETO) t(8;21) , MLLT3 (AF9)- MLL-AF6 t(6;11), MLL t(9;11), MLL-ELL t(11;19), duplicaciones en tándem MLL, DEK-CAN (DEK/NUP214) t(6;9), CALM-AF10 t(10;11), NPM1-MLF1 t(3;5)] y C-KIT Mutación D816.
  • Síndromes mieloproliferativos: JAK2 V617F (policitemia vera , mielofibrosis y trombocitemia esencial, JAK2 exón 12 (policitemia vera), CALR exón 9 (mielofibrosis y trombocitemia esencial), MPL W515 y S505 (mielofibrosis y trombocitemia esencial), ASXL1 exón 12 (mielofibrosis).
  • Leucemia mieloide crónica: BCR-ABL (p210 y p190 por qRT-PCR; atípicos por análisis de fragmentos) y mutaciones dominio ABL quinasa (T315I por ddPCR)
  • Leucemia aguda linfoide: BCR-ABL (p210 y p190 por qRT-PCR; atípicos por análisis de fragmentos), ETV6-RUNX1 (TEL-AML1) t(12;21), E2A-PBX1 t(1;19) y SIL-TAL del (1p).
  • Síndromes linfoproliferativos: BCL2-IGH (MBR y MCR), BCL1-IGH (MTC) y clonalidad (IGH, IGK, TCRG y TCRB)
  • Leucemia linfática crónica: Mutaciones Exones 2-11 TP53 (acreditación ERIC)
  • Macroglobulinemia de Waldeström: MYD88 (L265P)
  • Leucemia Neutrofílica Cronica: CSF3R (T618I)
  • Síndrome linfoproliferativo autoinmune: TNFRSF6 (exones 7, 8 y dominio DD)
  • Síndrome Gilbert: Polimorfismo (TA)n en promotor de UGT1A1.
  • Tricoleucemia: BRAF (V600E)
  • Mielodisplasia con sideroblastos en anillo: Mutaciones exón 15 de SF3B1(K700E).
  • Leucemia mieloide crónica atípica: Mutaciones en exón 14 de CSF3R, exón 3 de ETNK1 y exón 3 de SETBP1.
  • Leucemia mielomonocítica crónica: Mutaciones exón 3 de ETNK1.
  • Leucemia de linfocitos grandes granulares: Mutaciones exón 21 STAT3.
  • Farmacogenómica irinotecan: Polimorfismo (TA)n en promotor de UGT1A1.
  • Farmacogenómica 5-fluorouracilo: Polimorfismos DPYD*2A, DPYD*13 y 2846A>T en DPYD.

Paneles de New Generation Sequencing (NGS)

  1. Detección de variantes (SNVs, indels y genes de fusión) en genes relacionados con neoplasias mieloides:


    A continuación los genes y exones (entre paréntesis) a secuenciar:

    ABL1 (4-9), ASXL1 (9,11,12), BRAF (15), CALR (9), CBL (8,9), CEBPA (Completo), CSF3R (Completo), DNMT3A (Completo), ETV6 (Completo), EZH2 (Completo), FLT3 (13,15-20), NRAS (2,3), IDH1 (4), IDH2 (4), JAK2 (Completo), KIT (2,8-11,13,17,18), KRAS (2,3), MPL (10), NPM 1(10,11), NRAS(2,3), PTPN11(3,7-13), RUNX1 (Completo), SETBP1 (4), SRSF2 (1), TET2 (Completo), TP53 (Completo), U2AF1 (2-6), WT1 (6,10) y ZRSR2 (Completo).

    A continuación los genes de fusión y exones (entre paréntesis) a analizar:

    BCR(1,4,6,7,12-14,19)-ABL1(2-4),BCR(1,4,6,7,12-14,19)-JAK2(9,11,13,15,17-19), BCR(1,4,6,7,12-14,19)-PDGFRA(12), BCR(1,4,6,7,12-14,19)-FGFR1(10), ETV6(4-7)-ABL1(2,3,4), ETV6(4,-7)-PDGFRB(9,11), (4-7)-NTRK3(14,15), ETV6(4-7)-JAK2(9,11,13,15,17-19), ETV6(4-7)-RUNX1(2,3), ETV6(4-7)-ARNT(2), EML1(17)-ABL1(2-4), TERF2(8)-JAK2(9,11,13,15,17-19), OFD1(22)-JAK2(9,11,13,15,17-19), NUP214(23,26,28,29,30-32,34)-ABL1(2-4), ZMIZ1(18)-ABL1(2-4), RCSD1(2,3)-ABL1(2-4), SFPQ(9)-ABL1(2-4), FOXP1(19)-ABL1(2,3,4), (3)-ABL1(2-4), INPP5D(9)-ABL1(2-4), RANBP2(18)-ABL1(2-4), SPTBN1(3)-FLT3(14), SPTBN1(3)-PDGFRB(9,11), ZEB2(10)-PDGFRB(9,11), TPM3 (8)-PDGFRB (9,11), CCDC6(1,7)-PDGFRB (9,11), PDE4DIP(19)-PDGFRB (9,11), NDE1(6)-PDGFRB(9,11), ATF7IP(13)-JAK2(9,11,13,15,17-19), SPAG9(26)-JAK2(9,11,13,15,17-19), PCM1(26)-JAK2(9,11,13,15,17-19), (8,9)-JAK2(9,11,13,15,17-19), ZC3HAV1(12)-ABL2(3,5), EBF1(10,13-15) JAK2(9,11,13,15,17-19), EBF1(10,13-15)-PDGFRB(9,11), SSBP2(5,6,8,10,16)-JAK2(9,11,13,15-19), SSBP2(5,6,8,10,16)-CSF1R(12), MEF2D(7)-CSF1R(12), PAX5(4,5)-ETV6(2,3), PAX5 (4,5)-JAK2(9,11,13,15,17-19), MN1(1)-ETV6(2,3), MNX1(1)-ETV6(2,3), CHIC2(3)-ETV6(2,3), RUNX1(5)-RUNX1T1(2), DEK(9)-NUP214(17,18), SET(7)-NUP214(17,18), NCOR1(34)-LYN(7), (1)-TAL1(3-5), RBM15(2)-MKL1(4,5), P2RY8(1)-CRLF2(1), KAT6A(16)-CREBBP(2,3), (10,11)-GLIS2(2,3), , CBFB(4,5,)-MYH11(7-13), TCF3(11,13,14,17)-HLF(4), TCF3(11,13,14,17)-PBX1(2), PML(3,6)-RARA(3), ZBTB16(3,4)-RARA(3), ZBTB16(3,4)-ABL1(2-4), NPM1(4,6)-RARA(3), NPM1(4,6)-MLF1(2), STAT5B(15,16)-RARA(3), PAG1(8)-ABL2(3,5), NUP98(10-14)-HOXA9(1,2), NUP98(10-14)-TOP1(8), NUP98(10-14)-DDX10(6,7), NUP98(10-14)-RAPIGDS1(2,3), NUP98(10-14)-KDM5A(27), TAF15 (6,8)-ZNF384(3,4,7), CREBBP(4-7)-ZNF384(3,4,7), BMP2K(14,15)-ZNF384(3,4,7), EP300(6)-ZNF384(3,4,7), NUP98(10-14)-NSD1(6), STRN(6)-PDGFRA(12), FIP1L1(12)-PDGFRA(12), MYB(8)-GATA(5), ZMYM2(16)-FGFR1(10), CNTRL(40)-FGFR1(10), TRIM24(9-11)-FGFR1(10), FGFR1OP(5,6,10)-FGFR1(10), CUX1(11)-FGFR1(10), TPR(22,39)-FGFR1(10), PICALM(16,18,19)-MLLT10(4,6,9,10,16), KMT2A(9-12)-CREBBP(2,3), KMT2A(9-12)-RARA(3), KMT2A(9-12)-AFF1(4-6,11), KMT2A(9-12)-PTD(3), KMT2A(9-12)-MLLT3(4-6,9,10), KMT2A(9-12)-MLLT1(2-7), KMT2A(9-12)-MLLT10(4,6,9,10,16), KMT2A(9-12)-AFDN(2), KMT2A(9-12)-ELL(2,3,6), KMT2A(9-12)-EPS15(2,6), KMT2A(9-12)-MLLT6(8-10), KMT2A(9-12)-SEPT6(2), KMT2A(9-12)-MLLT11(2), KMT2A(9-12)-CIP2A(17), KMT2A(9-12)-AFF4 (4-6), KMT2A (9-12)-ARHGAP26(19), KMT2A(9-12)-MAPRE1(2,4,6), KMT2A(9-12)-SEPT5(3), KMT2A(9-12)-SEPT9(2,3), KMT2A(9-12)-TET1(9), KMT2A(9-12)-AFF3(5,6,10), KMT2A(9-12)-KNL1(12), KMT2A(9-12)-FOXO3(3), KMT2A(9-12)-MAML2(2,3), KMT2A(9-12)-NRIP3(2), KMT2A(9-12)-ARHGEF17(2-5), KMT2A(9-12)-C2CD3(13-15,17), KMT2A(9-12)-ARHGEF12(11-13), KMT2A (9-12)-CBL(10) y KMT2A(9-12)-DCPS(2).

  2. Detección de variantes (SNVs e indels) en genes relacionados con leucemia linfocítica crónica:

    A continuación los genes y exones (entre paréntesis) a secuenciar:

    ATF1 (completo), ATM (completo), BIRC3 (completo), CDK4 (completo), EGR2 (completo), FBXW7 (completo), KLF5 (completo), KRAS (completo), MYD88 (completo), NFKBIE (completo), POT1 (completo), PROZ (completo), TP53 (completo), NOCH1 (completo), BTK (15), CXCR4 (1, e2, 3), CUL4A (3-5), PLCG2 (19-20, 24), SF3B1 (14-16, 18) y XPO1 (15-16)

  3. Detección de variantes (SNVs e indels) en genes relacionados con linfomas:

    A continuación los genes y exones (entre paréntesis) a secuenciar:

    ARID1A (completo), B2M (completo), BCL2 (completo), CCND3 (completo), CD58 (completo), CHD2 (completo), CDKN2A (completo), CDKN2B (completo), CIITA (completo), CXCR4 (completo), EP300 (completo), FOXO1 (completo), GNA13 (completo), ID3 (completo), IRF4 (completo), KMT2A (completo), KMT2D (completo), MAL (completo), MEF2B (completo), MYC (completo), MYD88 (completo), NFKBIE (completo), PAX5 (completo), PIM1 (completo), POT1 (completo), PRDM1 (completo), REL (completo), SOCS1 (completo), TNFAIP3 (completo), TNFRSF14 (completo), TP53 (completo), BCL6 (8,9), BIRC3 (2), BRAF (15), BTK (15), CARD11 (4-9), CCND1 (1), CD79A (4,5), CD79B (5,6), CREBBP (27-30), EZH2 (16,18), FBXW7 (9,10), KRAS (2,3), NOTCH1 (34), NOTCH2 (26-28,34), NRAS (2,3), PLCG2 (17-23), PTEN (5), SF3B1 (14,15), STAT6 (9-14), TCF3 (17-19) y XPO1 (15-18).